黄芩含有多种活性化学成分，主要是以黄芩苷为代表的黄酮类化合物。黄酮类化合物在植物界分布广泛，20% 以上的植物药中均含有该成分，其中，以豆科、芸香科、菊科和唇形科的植物含量较高。目前发现的黄酮类化合物已达 50 余种，其中，含有酚羟基的黄酮类化合物具有不同程度的抗氧化作用，常作为天然抗氧化剂使用。除了药用之外，黄酮类化合物如芸香苷、槲皮素、银杏黄酮、大豆异黄酮等可增强食品的风格，在食品香料和食品添加剂中广泛应用。